Recherche
Bioinformatique et biologie des systèmes du cancer : J. Colinge

Notre recherche actuelle se réparti selon trois axes.

Axe 1 : Inférence de réseaux biologiques intra (signalisation, transcription) mais aussi extra-cellulaires (microenvironnement tumoral) afin d’identifier des modules fonctionnels actifs. Nous appliquons ces méthodes à des tumeurs rares et agressives ou des métastases qui résistent aux traitements de base. Nous tentons de découvrir les mécanismes de résistance et surtout des cibles capables de briser la résistance.

Axe 2 : Inférence de réseaux partant d’expériences de perturbation. Nous avons plusieurs projets où la connaissance détaillée, quantitative du couplage entre les entités d’un réseau biologique identifié est nécessaire ainsi que la capacité de prédire la réponse du réseau. En appliquant et étendant les méthodes MRA (modular response analysis, Kholodenko) nous prédisons des réseaux pondérés et orientés.

Axe 3 : Protéomique computationnelle. Notre principal projet consiste à établir (avec nos partenaires cliniciens) un cadre expérimental et computationnel permettant la mesure in vivo des paramètres cinétiques des protéines dans des biofluides de patients. Nous avons déjà assemblé des pipelines bioinformatiques et mathématiques qui nous ont permis de réaliser de telles mesures dans le LCR et le plasma. Nous voulons explorer une nouvelle classe de biomarqueurs attachés à la vitesse d’élimination des protéines ou aux passages à travers des barrières biologiques qui seraient altérés dans certaines pathologies (p.ex. Alzheimer).

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